洁净室污染的zui大威胁来自用户本身。在医疗和制药行业，微生物的控制非常重要，特别是可能从皮肤脱落沉积到气流中的微生物。研究洁净室微生物区对微生物学家和质量控制人员的评价趋势具有重要意义，特别是耐药菌株的筛选.研究清洁消毒方法具有现实意义。
典型的洁净室菌群主要是与人类皮肤相关的菌群，还有来自环境和水等其他来源的微生物，但数量较少。常见的细菌包括微球菌、葡萄球菌、棒状杆菌和孢杆菌，真菌包括曲霉和青霉。
注意保持洁净室清洁有三个主要方面。
1.洁净室内表面及其内部设备
原则是选材重要，日常清洁消毒更重要。符合要求GMP并达到清洁规范，洁净室所有表面应光滑、不透气，不产生自身污染，即无灰尘、头皮屑、耐腐蚀、易清洁，否则将提供微生物繁殖场所，表面应坚固耐用，不得开裂、破碎或凹陷。有各种各样的材料可供选择，包括昂贵的达加德镶板、玻璃等，zui好和zui美丽的选择是玻璃。根据各级洁净室的要求，定期进行清洁和消毒。频率可在每次操作和使用后每天进行多次、每天、几天、每周进行清洁和消毒。建议每次操作后清洁和消毒操作台面.地板每天消毒.墙面每周.每月根据洁净室等级和设定的标准规范，对空间进行严格的清洁消毒，并做好记录。