1、温湿度
冬季18-24℃，夏季25-28℃，湿度40-70%。
2、空气过滤及气流组织要求
新风经热湿处理及三级(初效+中效+高效/亚高效)过滤后送入室内;各房间排风口单独设置高效或亚高效过滤器。
当房间无工艺设备排风时，可通过换气次数(工艺操作间换气次数为12~15次/h，缓冲间6~8次/h)计算得出房间送风量，然后根据缝隙法得出房间排风量;当房间有工艺设备(如生物安全柜)排风时，比较设备排风量与满足换气次数所需送风量，取两者之间的较大值(一般情况下，设备排风量较大)，然后可根据缝隙法得出房间送风量。根据以上计算风量为设计依据，由此可对新风机组、排风机组及附属的风管风口进行选型和计算。
气流组织上，PCR实验室空调系统通常采用上送下排式的非单向流送风方式。房间上部送风口尽量均匀布置，且与生物安全柜操作面或其他有气溶胶操作地点的正上方保持一定距离;房间下部利用室内排风夹道上设置的排风口排风，排风口底部距地面0.1m，排风夹道需设置于室内被污染风险最高的区域，排风口前面不应有障碍物遮挡。
3、压力控制
在空调系统各房间送风支管上设置压力无关型定风量阀，无工艺设备排风房间的排风支管上设置压力无关型定风量阀，从而恒定房间的风量以控制房间压力;在有工艺设备排风房间的排风支管上设变风量阀，根据房间内压差动作，以控制房间压力。需排风的工艺设备(如生物安全柜)排风支管上设变风量阀，根据设备开启度调节设备排风量。