一个净化工程需要根据实际生产流程设置相应的功能性房间，考虑人流、物流走向以及各种作业效率。在平面设计初步断定基础上，再决定洁净区与非洁净区，洁净区的洁净等级。再判断相应换气次数或截面风速。安装送回风口，规划洁净送风机组(大小，方位，风机空调选型等)，规划送回新风管道等。
在净化工程工程中，一般包括无尘区、准无尘区、辅佐区三部分。对于净化工程的平面安置，可以有以下几种方法：
外廊盘绕式：外廊能够有窗和无窗，兼作观赏和放置设备的作用，很多在外廊内设置直勤采暖。外窗可以采用双层密封窗。
内廊式：将净化工程设置在外围，走廊设在内部，这种走廊的无尘度等级一般要求极高，乃至和无尘车间同级。
两头式：无尘区设在一边，另一边设准无尘和辅佐用房。
中心式：为节省用地、缩短管线，可以将无尘区作为中心，上下左右被各种辅佐用房和荫蔽管道的空间包围，这种净化工程方式可以完全避开室外气候对无尘区产生的影响，削减冷热能耗，利于节能。