1、正确使用层流间：手术床在摆设过程中应尽量靠近层流天花网适当处，所有的操作步骤需尽可能靠近层流天花网对应处，防止回风口出现无菌包。感染手术尽量安排在设有负压层流手术间，遇特殊手术进行特殊消毒。在手术操作时要按照三通道线路执行下去：医务人员出入口、患者出入口、污物出口是层流手术室设计的出入线路。
2、保持清洁效果：采用手术室净化空调系统应该持续使用24 h，培养空气细菌合格次数打2次后投入使用。手术前半小时将层流空调系统打开，接台手术需相隔15 min，保证空调系统持续运转。在手术前期要采用500 mg/L的含氯消毒液湿式将有关器材的血迹灰尘清理干净。对于初效、中效过滤器更换周期为6个月/次，过滤器1～2年/1次。回风口1周/1次，这样才能保证使用器材的清洁效果。
3、设备保护：在手术前期通常要将室内的温度控制在一个非恒定值，并且保证空调24 h运行，或者按照自身的情况于手术前半小时将其打开。1周清洗初效过滤网1次，出风口1次，避免出现污染。中效、过滤网的更换需按照空气培养情况进行。
在实施手术室净化后要注意整体能源的消耗，运用优化途径来节约好能源的使用。加强层流手术间的管理，主要取决与手术全过程全方位的护理质控。手术室净化只是一种手段，无菌程度才是各类手术连续运行的保障，加强手术室净化的管理强化无菌观念仍是手术室工作重中之重，只有将两者紧密结合起来才能获得良好的社会效益和经济效益。