清洁区
清洁区有分为办公室、休息室、培育基配制室与试剂储藏室。这个区域内不行带细菌查验标本进入。
操作区
1、微生物试验室操作区要注意洁净度，防止交叉污染，操作区要单独分开。在进入试验室内时要换鞋，送标本人员不得进入操作区，操作区地面要用专用的清洁东西整理，至少，每天拖1次地，消毒1次，在进入试验室或出操作区的时分要先紫外线照耀30-60min。
2、注意光线的问题，在培育细小及血清试验凝聚颗粒时，都需求满意的光线，操作区除了惯例的照明外，还能够装置一个操作台灯，方便观察试验室的准确度。
3、试验要在生物安全柜中操作，既确保了环境不受污染，也保证了工作人员的安全。
4、因为无菌操作的要求，试验过程中常常使用酒精灯，因此，微生物学试验室不能装置吊扇。为了到达试验所需的适合温度，尤其是满意某些仪器对温度湿度的要求，试验室应装置空调。
5、依据仪器设备要求，必要时装备不间断电源。
6、操作区内须设置水源。用于标本处理(如细菌染色) 的水槽与工作人员洗手用的水槽不能混用。
7、污染物处理：操作区须备有消毒缸，以处理沾有活菌的玻片等污染物品。查验剩余的标本及使用过的带菌平板、试管均须集中地点安全放置，经消毒灭菌处理后再洗刷或丢弃。
无菌区
1、无菌室应完全关闭，进出无菌室至少要经两道门，中间隔有缓冲间，无菌室与外间设置一个可开闭的窗口，用于传递用具。
2、无菌室必须保持整洁。工作人员进入无菌室应换专用鞋、专用衣。无菌室使用前须用紫外线消毒30 min ，操作完毕后清洁台面，再用紫外线消毒30 min 。定时用乳酸或甲醛熏蒸，彻底消毒。
3、无菌室仅用于培育基分装等无菌操作，不能进行有菌标本的操作。操作人员操作时应严格关门，并戴好专用的口罩、帽子。
4、无菌室内应有空气过滤装置，并装置空调。