1、工程设计不合理。
一般来说，工程设计不合理这个现象很少出现，出现这些个问题的往往是一些小型的对于净化要求的不太高的项目上。现在做净化的厂家非常多，竞争也是越来越激烈，有一些建设企业为了中标所以给出的报价非常低，在后期的施工中，利用对方客户不懂的情况，偷工减料，当然这只是一个方面，另一个方面是设计施工开始后，客户那边又增加了新的要求和净化区域，使原有的设计无法满足要求。这些先天缺陷难以纠正，应在工程设计阶段避免。
2、用低价产品替代产品
在洁净室过滤器的应用中，国家规定净化10万级以上的空气净化应采用初、中、过滤器三级过滤。由于连续的大型净化项目使用亚空气过滤器代替万级净化的空气过滤器，清洁度较差。更换了过滤器，满足GMP认证要求。
三、送风管或过滤器密封不严。
这种现象是由于施工粗糙造成的，表明某些房间或同一系统的某些部分在审批时不符合条件。一种改进的方法是对供气管采用光泄漏测试法来检测泄漏并使用过滤器。扫描粒子计数器测试部分、密封粘合剂和安装框架以定位泄漏并仔细密封。
四、回风管道或回风口设计调试不当。
在设计的时候，有的客户那边的空间不是太充足，所以就导致上送风侧的回风或回风口存在数量上的不足，这就导致车间没有办法使用，所以在设计GMP洁净车间的时候，不管空间大小一定要注意这一点，当然在排斥了设计原因以后，回风口的调试也是很重要的的一个环节。如果调试有问题，回风口阻力过大或者过小，都会导致回风量小于或者大于送风量，那么清洁度是肯定不能达标的。
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