理想的无菌操作室应划为三部分：
●更衣室：供更换衣服、鞋子及穿戴帽子和口罩。
●缓冲间：位于更衣间与操作间之间。
目的是为了保证操作间的无菌环境，同时可放置恒温培养箱及某些必需的小型仪器。
●无菌操作间：专用于无菌操作、细胞培养。
大小要适当，且其顶部不宜过高（不超过2.5m），以保证紫外线的有效灭菌效果；墙壁光滑无死角以便清洁和消毒；
工作台安置不应靠墙壁，台面要光滑压塑作表面，漆成白色或灰色以利于解剖组织及酚红显示pH的观察。
孵育区——本区对无菌的要求虽不比无菌区严格，但仍需清洁无尘，因此也应设置在干扰少而非来往穿行的区域。孵育可在孵箱或可控制温度的温室中进行，后者费用高，一般实验室多采用孵箱进行工作。
储藏区——主要存放各类冰箱、干燥箱、液氮罐、无菌培养液、培养瓶等，环境需要清洁无尘。
制备区——主要进行培养液及有关培养用的液体等的制备。
清洗和消毒灭菌区——清洁和消毒灭菌区应与其他区域分开，主要进行所有细胞培养器皿的清洗、准备、消毒及三蒸水制备等工作。