在洁净车间的调试与测试中，系统运行多久才能达到稳定，什么时候开始测试或调试是困扰专业工程师的难题，在具体操作中，一般都视房间规模、性质和用途凭经验判定。而一旦过早进入调试现场，房间内的各项参数还未达到稳定。
因此，测试数据将偏离设计值。如果进入调试现场的时间过晚，将会增加洁净车间系统不必要的运行时间，导致了能耗的浪费。而借助仿真软件的非稳态模拟，此类问题也可得到有效解决。
1.净化风管安装的特殊工艺
根据洁净等级的不同，分为N1~N9级，其中N1级要求最高，N9级要求最低，高洁净度空间一般适用于有特殊要求（如传染病）洁净车间、部分电子生产车间、以及部分无菌实验室等功能建筑中，其余为普通洁净室。而影响洁净空间洁净度的关键因素之一为空间内的气流组织，因此，作为气流流通的媒介，风管的制作工艺也应根据不同等级的洁净空间需要而作一定区分。
2.高洁净度空间的风管
对于洁净车间的高洁净度空间的风道，应在面板进入现场后提前进行清洁过程（低清洁空间的风道可在面板形成后进行清洁）。此外，预制场地应为环氧地坪（低洁净度风管制作场地一般为平整地面上铺洁净橡胶板即可）。风管制作区的四周应采用塑料帘幕以遮挡灰尘。洁净车间运行过程中，场地内应确保2至5名工人，专门负责不间断的场地清洗和监督。而对于高洁净区风管的制作和安装，规定男性不得蓄须，女性不得化妆；避免工人在操作区域奔跑和进食；控制焊接作业，以防人体灰尘对管道造成污染。
需要注意的是，由于一些洁净车间施工管理人员对相关标准不熟悉，因此一些国产清洁工程风管采用了内部加固的方法。这与国家标准相违背从而导致工程无法顺利验收，而国外的标准则对此做法采取默认的态度。由于洁净车间中洁净风管的严密性较其他工程高，因此风管合缝应采用密封胶、橡胶板和密封垫相结合的形式。
3.洁净空间气流组织仿真技术
洁净车间中气流的合理流动方向有助于控制污染物的扩散，作为经验丰富的大型机电承包商，在施工初期必须使用仿真软件，对净化工程内具有代表性的区域进行通风效果的仿真模拟，除了可以校核区域压差和设计压力外，通过发现可能出现的洁净车间内涡流区域为调试提供依据，以便于后期室内形成更为理想的气流场。