洁净空调系统与普通空调系统的最大区别就是送风量大，系统压力高。在整个净化工程系统中包括所有配件的阻力都很大，因此设备的选型尤为重要。在管道电加热器、消声器、过滤器的选择上，特别是在风机的选择上，一定要确保在其使用范围内(工作点)的参数指标;使用变频器的系统更要注意，否则就会失去使用效果。
最终的高效过滤器（或超高效过滤器）是整个净化工程系统的核心。 为了延长使用寿命，需要使用预过滤器（包括初级，中级和次高效，甚至高效过滤器）。前置过滤器的选择要着重于它的使用寿命，选用容尘量大的过滤器就是关键所在。
1. 净化工程的施工质量对系统调试的影响
（1）建筑结构的密封性差
除了选材原因外，室内配套设施安装后的密封性要特别注意，降低建筑的渗透性是维持洁净环境的重要条件。在医院的净化工程中，建筑装修和洁净空调施工往往分包给不同的施工队，由于许多建筑装修单位缺乏对洁净行业特殊性的了解，在选材、施工和安装上的突出问题普遍存在。
（2）通风管道的泄漏量大
由于施工单位对质量管理的重视不足，因此通风管的泄漏可能高达10％或更多。 如果增加了设备和辅助设备的泄漏，对整个系统性能的影响将不可估量。
2. 净化工程的空调设备质量对系统调试的影响
有些设备在出厂时存在质量问题，特别是风量调节阀，在净化工程系统调试过程中往往会出现不能正常使用的现象。有的风量调解阀开启方向与标注的方向相反，阀体材料强度不够，电动(包括手动)执行器与阀体的联动系统不能正常工作。选用了这样的产品将会在系统调试时增加许多困难，甚至要从新更换。
综上所述，净化工程中空调建设在设计、设备选择、施工质量、材料质量、机组调试验收等方面都会对洁净空间压力控制产生影响。由此可知，在洁净室建造的过程中，任何一个环节的失误都会给施工质量造成重大影响。
这里既存在技术水平问题和管理经验上存在不足，同时也存在责任问题。净化车间在质量管理上的一个细小的失误就会给工程验收带来影响;因此所有参与实验室建造的人员都应随时提高自己的理论水平，经常总结经验教训，在净化工程的实践中不断提高自己及整个企业的专业技术水平。