建设净化车间要考虑的问题众多，一旦净化车间工程检测不合格，必然是要进行二次调整，这样会造成时间、人力、物力等浪费，所以专业的实施方应在建设时可以避免的问题的出现。
1.净化车间中，对净化空调系统自净时间的设置是十分重要的。应根据企业实际需要设置空调系统时间的长短，如运行时间过短，易造成工程检验不合格现象。
2.密封性是工程的关键。对送风管进行检漏的方式应采用漏光试验法，而过滤器设备则使用粒子计数器扫描，这样可以避免密封性能不好现象。
3.当回风口受到很大阻力时，会造成回风量小于送风量的现象，这时会出现实验室洁净度不达标。
4.净化车间中常见的问题就是在设计时，由于受空间大小所限制，造成回风管道没有使用顶送侧回的方式或是风口数量达不到而导致检测时工程不合格。