无菌室是企业存放无菌产品或道具的地方，不同行业有不同的使用方法，不同位置存放不同的器材或道具。如医院的仪器、器械、平皿、纱布、手术器具等与伤口接触的任何东西都是存放在无菌室。无菌室应保持清洁，备有工作浓度的消毒液，70%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液等，而且严禁堆放杂物，以防污染。
无菌室空气净化工程是属于生物净化工程的一种，一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室，可以用板材和玻璃建造，面积不宜过大，约4~5平方米即可，高2.5米左右。无菌室只要够放置实验室样品及必需的设备即可，面积无需过大而造成浪费，面积过大对于做无菌室空气净化工程来说不仅仅是提高建造成本而已，日后的运行及维护费用也会高的令人惊讶。
无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。一般微生物检测按照实验室行业要求都需要在无菌室中进行，很多食品菌、微生物等都是在超净工作台中完成检测和化验的。
随着科技的进步，社会对饮食，健康等问题看得十分重视，无菌室的要求也越来越严格。国家为了保障人民的安全问题，无菌室在不断的普及。因此无菌室空气净化将在净化工程领域扮演着越来越重要的角色。