PCR实验室通常采用非单向流送风方式，所谓非单向流，指气流流线方向不平行，风速也不一致。PCR实验室一般采用上送下回式。上部送风依靠高效送风口进入房间，下部回风依靠每个房间的对称分布的排风柱下部的排风口排风。
新风从室外进入处理机组，经过粗效、中效、亚高效、表冷(热)段、喷淋段(加湿)几个处理过程，然后进入洁净室。
排风分为全面换气与局部排风两部分，全面排风口一般位于排风柱的下部，设可调带过滤网的百叶风口，送风口采用高效过滤送风口。局部排风为房间设置Ⅱ级B2型生物安全柜的局部排风，柜面风速要求不小于5m/s，生物安全柜独立设置排风系统，排风口要求设置在建筑物的屋面上，生物安全柜排风管与所在室内的全面排风互锁，局部排风与全面排风不能同时开启。新风机组与排风系统都采用变频系统，以应对不同变风量处理过程。