因层流并无消毒、灭菌之功效。它的“无菌”环境主要是通过空气的“过滤”、“层流”以及室内维持“正压”状态来维持的。因此层流手术室须有严格的管理，才能达到预期的目的。
布局合理，分区明显：整个手术室全部为净化区域，分为内走廊、手术间、洗手间、无菌物品储存间，贵重仪器放置间；根据手术间的净化级别分为百级净化间、千级净化间、万级净化间和十万级净化走廊。并严格分为三区，即非限制区(如办公室)、半限制区(如消毒室、石膏室、清创间)、限制区(全为净化手术间)。
层流手术室内配置要求：室内除常规配置外，如麻醉机、CB机、监护仪，尽量减少对灰尘吸附力大的物品的放置，如木质海面的器具等。
病人专用被也要用同手术衣一样的棉布包裹起来。各类物品的放置要避开墙壁下方的回风口，以免影响室内的空气流动。禁止在手术间内抖动衣物布类敷料等，防止微粒在室内飞扬。
