洁净厂房的耐火等级不应低于二级。
洁净厂房内生产工作间的火灾危险性，应按照现行标准《建筑设计防火规范》（GBJ 16）分类。洁净厂房生产工作间的火灾危险性分类举例见附录A。
甲、乙类生产的洁净厂房宜为单层，其防火分区允许建筑面积，单层厂房宜为3000m2，多层厂房宜为2000m2。丙、丁、戊类生产的洁净厂房其防火分区允许建筑面积应符合现行标准《建筑设计防火规范》（GBJ 16）的规定。
洁净室的顶棚和壁板（包括夹芯材料）应为不燃烧体，且不得采用有机复合材料。顶棚的耐火极限不应低于0.4h，疏散走道顶棚的耐火极限不应低于1.0h。
在一个防火分区内的综合性厂房，其洁净生产与一般生产区域之间应设置不燃烧体隔断措施。隔墙及其相应顶棚的耐火极限不应低于1h，隔墙上的门窗耐火极限不应低于0.6h。穿隔墙或顶棚的管线周围空隙应采用防火或耐火材料紧密填堵。
技术竖井井壁应为不燃烧体，其耐火极限不应低于1h。井壁上检查门的耐火极限不应低于0.6h；竖井内在各层或间隔一层楼板处，应采用相当于楼板耐火极限的不燃烧体作水平防火分隔；穿过水平防火分隔的管线周围空隙，应采用防火或耐火材料紧密填堵。