两者的区别主要体现在以下方面：
1.舒适度
新风系统通过通风换气的方式向室内引入新鲜空气，补充氧气，从而提高居住空间的舒适度，降低空气中污染物的含量。其优点是不会出现新鲜空气和污浊空气混合的情况，使用时噪音相对较小。新风系统的作用空间一般包括卧室、客厅等，但每个空间都需要安装单独的设备。
空气净化器只能循环净化室内空气，并不会从室外输入新鲜空气到室内，因此与新风系统相比，其舒适度打了折扣。此外，部分空气净化器噪音较大，使用时容易影响人的睡眠。
2.使用条件
新风系统和空气净化器都有各自适用的条件，其中新风系统适用于需要换气却又不方便开窗户的居室。
空气净化器适用于需要在短时间内对空气进行净化的居室，并具有购买渠道多、无需专业施工安装、可即插即用。